היתרונות של אלקטרופורזה של ג'ל פוליאקרילאמיד (PAGE) כוללים בעיקר את ההיבטים הבאים:
"אפקט אלקטרו-אוסמוטי קטן": ג'ל פוליאקרילאמיד הוא חומר סינטטי בעל אפקט אלקטרו-אוסמוטי קטן ואינו קל לאינטראקציה עם המדגם, מה שעוזר להפחית את העיוות והדיפוזיה של המדגם במהלך אלקטרופורזה.
גודל נקבוביות מתכוונן : ניתן להתאים את ריכוז המונומרים לפני פילמור ליצירת דרגות שונות של מבנים צולבים-, ובכך לשנות את הנקבוביות של הג'ל. גמישות זו מאפשרת לג'ל לפוליאקרילאמיד לבחור רכיבי ג'ל מתאימים בהתאם לגודל המולקולרי של החומר להפרדה, מה שלא רק מבטיח את אפקט ההפרדה אלא בעל תכונות מכניות טובות.
יציבות תרמית: בטווח ריכוז מסוים, ג'ל פוליאקרילאמיד יציב תרמית, והג'ל חסר צבע ושקוף, קל לצפייה וזיהוי.
אפקט הפרדה טוב : ג'ל פוליאקרילאמיד בעל גודל נקבוביות קטן והוא מתאים במיוחד להפרדת DNA או שברי RNA של פולינוקליאוטידים גדולים וחלבונים קטנים יותר. תכונה זו מאפשרת לו לבצע ביצועים טובים בהפרדת דגימות מורכבות ומשפרת את הרזולוציה של אלקטרופורזה.
פחות זיהום: אקרילאמיד הוא תרכובת טהורה יחסית וניתן לשכלל אותה כדי להפחית את הזיהום, מה שעוזר לשמור על הדיוק של תוצאות הניסוי.